การปกครองและการบริหารประเทศในสมัยรัตนโกสินทร์ตอนต้น กล่าวได้ว่า รูปแบบของการปกครอง ทั้งในส่วนกลางและส่วนภูมิภาค ยังคงยึดตามแบบฉบับที่สมเด็จพระบรมไตรโลกนาถ ทรงวางระเบียบไว้ จะมีการเปลี่ยนแปลงก็เพียงเล็กน้อย เช่น ในสมัยรัชกาลที่ ๑ โปรดฯ ให้คืนเขตการปกครองในหัวเมืองภาคใต้กลับให้สมุหกลาโหมตามเดิม ส่วนสมุหนายกให้ปกครองหัวเมืองทางเหนือ ส่วนพระคลังดูแลหัวเมืองชายทะเล ในด้านระบบการบริหาร ก็ยังคงมีอัครมหาเสนาบดี ๒ ฝ่าย คือ สมุหนายกเป็นหัวหน้าฝ่ายพลเรือน ดูแลบังคับบัญชาหัวเมืองฝ่ายเหนือ และสมุหกลาโหม เป็นหัวหน้าราชการฝ่ายทหาร ดูแลบังคับบัญชาหัวเมืองฝ่ายใต้ ตำแหน่งรองลงมาคือ เสนาบดีจตุสดมภ์ แบ่งตามชื่อกรมที่มีอยู่คือ เวียง วัง คลังและ นา ในบรรดาเสนาทั้ง ๔ กรมนี้ เสนาบดีกรมคลังจะมีบทบาทและภาระหน้าที่มากที่สุด คือนอกจากจะบริหารการคลังของประเทศแล้ว ยังมีหน้าที่ดูแลบังคับบัญชาหัวเมืองชายทะเลตะวันออก เสนาบดีทั้งหลายมีอำนาจสั่งการภายในเขตความรับผิดชอบของตน รูปแบบที่ถือปฏิบัติก็คือ ส่งคำสั่งและรับรายงานจากเมืองในสังกัดของตน ถ้ามีเรื่องร้ายที่เกิดขึ้น เสนาบดีเจ้าสังกัดจะเป็นแม่ทัพออกไปจัดการเรื่องต่างๆ ให้เรียบร้อย มีศาลของตัวเองและสิทธิในการเก็บภาษีอากรในดินแดนสังกัดของตน รวมทั้งดูแลการลักเลขทะเบียนกำลังคนในสังกัดด้วย
การบริหารในระดับต่ำลงมา อาศัยรูปแบบการปกครองคนในระบบไพร่ คือ แบ่งฝ่ายงานออกเป็นกรมกองต่างๆ แต่ละกรมกอง มีอำนาจหน้าที่ในการจัดการควบคุมกำลังคนในสังกัดของตน โครงสร้างของแต่ละกรม ประกอบด้วยขุนนางข้าราชการอย่างน้อย ๓ ตำแหน่ง คือ เจ้ากรม ปลัดกรม และสมุห์บัญชี กรมมีทั้งขนาดใหญ่และขนาดเล็ก กรมใหญ่มักเป็นกรมสำคัญ เจ้ากรมมีบรรดาศักดิ์ถึงขนาดเจ้าพระยาหรือพระยา
กรมของเจ้านายที่มีความสำคัญมากที่สุด ได้แก่ กรมของพระมหาอุปราช ซึ่งเรียกกันว่า กรมพระราชวังบวรสถานมงคล กรมของพระองค์มีไพร่พลขึ้นสังกัดมาก กรมของเจ้านายมิได้ทำหน้าที่บริหารราชการโดยตรง ถือเป็นกรมที่ควบคุมกำลังคนเป็นสำคัญ เพราะฉะนั้น การแต่งตั้งเจ้านายขึ้นทรงกรมจึงเป็นการให้ทั้งความสำคัญ เกียรติยศ และความมั่นคงเพราะไพร่พลในครอบครองเป็นเครื่องหมายแสดงถึงอำนาจและความมั่งคั่งของมูลนายผู้เป็นเจ้าของการบริหารราชการส่วนกลาง มีพระมหากษัตริย์เป็นมูลนายระดับสูงสุด เจ้านายกับขุนนางข้าราชการผู้บังคับบัญชากรมต่างๆ ทั้งฝ่ายทหารและพลเรือน ฐานะเป็นมูลนายในระดับสูง ช่วยบริหารราชการ โดยมีนายหมวด นายกอง เป็นมูลนายระดับล่างอยู่ใต้บังคับบัญชา และทำหน้าที่ควบคุมไพร่อีกต่อหนึ่ง การสั่งราชการจะผ่านลำดับชั้นของมูลนายลงมาจนถึงไพร่
สำหรับการปกครองในส่วนภูมิภาคหรือการปกครองหัวเมือง ขึ้นอยู่กับอัครมหาเสนาบดี ๒ ท่าน และเสนาบดีคลัง ดังได้กล่าวไว้ข้างต้น หัวเมืองแบ่งออกเป็นสองชั้นใหญ่ๆ ได้แก่ หัวเมืองชั้นในและหัวเมืองชั้นอก การแบ่งหัวเมืองยังมีอีกวิธีหนึ่ง โดยแบ่งออกเป็น ๔ ขั้น คือ เอก โท ตรี จัตวา ตามความสำคัญทางยุทธศาสตร์และราษฎร
หัวเมืองชั้นใน เป็นหน่วยปกครองที่อยู่ใกล้เมืองหลวง มีเจ้าเมืองหรือผู้รั้ง ทำหน้าที่เป็นหัวหน้าปกครองดูแล
หัวเมืองชั้นนอก มีทั้งหัวเมืองใหญ่ หัวเมืองรอง และหัวเมืองชายแดน หัวเมืองเหล่านี้ อยู่ใต้การปกครองของเจ้าเมือง และข้าราชการในเมืองนั้นๆ
นโยบายที่ใช้ในการปกครองหัวเมืองในสมัยรัตนโกสินทร์ตอนต้น มีการเปลี่ยนแปลงเพื่อความกระชับยิ่งขึ้น กล่าวคือ รัชกาลที่ ๑ ได้ทรงออกพระราชกำหนดตัดทอนอำนาจเจ้าเมืองในการแต่งตั้งข้าราชการที่สำคัญๆ ทุกตำแหน่ง โดยโอนอำนาจการแต่งตั้งจากกรมเมืองในเมืองหลวง นับเป็นการขยายอำนาจของส่วนกลาง โดยอาศัยการสร้างความจงรักภักดีให้เกิดขึ้นกับเจ้านายทั้งสองฝ่าย คือ ทั้งเจ้าเมือง และข้าราชการที่แต่งตั้งตนในส่วนกลาง ตำแหน่งต่างๆ เหล่านี้ต้องรายงานตัวต่อผู้ตั้งทุกปี ทั้งนี้เพื่อผลในการควบคุมไพร่พลและเกณฑ์ไพร่มาใช้ เพราะฉะนั้น มูลนายในเมืองหลวงจึงได้ควบคุมสัสดีต่างจังหวัดอย่างใกล้ชิด
ส่วนการปกครองในประเทศราช เช่น ลาว เขมร มลายู นั้น ไทยใช้วิธีปกครองโดยทางอ้อม ส่วนใหญ่จะปลูกฝังความนิยมไทยลงในความรู้สึกของเจ้านายเมืองขึ้น โดยการนำเจ้านายจากประเทศราชมาอบรมเลี้ยงดูในฐานะพระราชบุตรบุญธรรมของพระมหากษัตริย์ในราชสำนักไทยหรือสนับสนุนให้มีการแต่งงานกันระหว่างเจ้านายทั้งสองฝ่าย และภายหลังก็ส่งเจ้านายพระองค์นั้นไปปกครองเมืองประเทศราช ด้วยวิธีนี้ จึงทำให้เกิดความรู้สึกผูกพันกันขึ้นระหว่างกษัตริย์ไทยกับเจ้านายเมืองขึ้น การปกครอง หรือการขยายอำนาจอิทธิพลในอาณาจักรต่างๆ เหล่านี้ ฝ่ายไทยและประเทศราชไม่มีการทำสัญญาเป็นลายลักษณ์อักษร แต่ขึ้นกับอำนาจความมั่นคงของราชอาณาจักรไทย เพราะฉะนั้น ในช่วงใดที่ประเทศอ่อนแอ เมืองขึ้นก็อาจแข็งเมืองหรือหันไปหาแหล่งอำนาจใหม่ เพราะฉะนั้น เมื่ออำนาจตะวันออกแผ่อิทธิพลเข้ามาในดินแดนเอเซียอาคเนย์ ปัญหาเรื่องอิทธิพลในเขตแดนต่างๆ จึงเป็นประเด็นสำคัญที่ต้องเวลาทำความตกลงกัน
